Los primeros testimonios de la presencia humana en El Almendro se remontan a la Edad de Bronce. Se han encontrado restos arqueológicos en la zona que indican una intensa actividad humana.
Durante la romanización, la comarca tuvo bastante importancia, ya que se situaba dentro de la ruta del mineral que, en aquel entonces, unía el sur de la provincia con Mérida y permitía conducir el mineral de la comarca a los puertos del Río Guadiana y Huelva.
El Almendro aparece como núcleo de población en la Edad Moderna. El Duque de Medina Sidonia mandó trasladar el antiguo poblado de Osma al emplazamiento llamado «el agua del almendro», dando lugar al actual municipio.
Está situada en el Andévalo Occidental de la provincia de Huelva. Ocupa una estrecha franja de terreno que toca en su extremo oeste la frontera con Portugal. Su situación fronteriza le ha dado protagonismo y llaves en los conflictos bélicos con el país vecino, pero también le ha hecho vía de comunicación entre la zona de Mértola y la provincia de Huelva.
En el siglo XX destacó la actividad minera de la zona, que generó mucho trabajo y permitió que se produjera un considerable crecimiento poblacional. Una vez finalizada esta etapa, con el desmantelamiento de las explotaciones de mineral, la falta de movimiento económico produjo una emigración masiva hacia países como Alemania, que finalizó con el retorno de gran parte de los emigrados en los últimos años de la década de los ochenta y siguientes. En la actualidad el 26% de la población activa se dedica al sector primario y el 25% al terciario.
Desde el punto de vista turístico destacan varios lugares para visitar cuando vayamos a El Almendro: la Peña Maya, el molino Pie de Castillo, la ermita de Piedras Albas y la Iglesia de Ntra. Sra. de Guadalupe, declarada Bien de Interés Cultural.